W południowej części jeziora krajobraz urozmaica 14 różnej wielkości wysp. Zamykają one perspektywę, sprawiając, że Kisajno wygląda na znacznie mniejsze niż w rzeczywistości. Ponieważ wszystkie wyspy są ulubionymi miejscami gniazdowania i żerowania licznych gatunków ptaków wodnych, objęto je ochroną rezerwatową. Wstęp na wyspy jest zabroniony.
Kisajno zajmuje południowy fragment akwenu Mamr. Ma 8,5 km długości, jego szerokość dochodzi do 3 km, a głębokość sięga 25 m. Na południu jezioro poprzez kanał Piękna Góra łączy się z jez. Tajty (skąd poprzez Kanał Niegociński można przepłynąć na jez. Niegocin). Na południowym wschodzie, w niewielkiej zatoce Tracz znajduje się wejście do Kanału Łuczańskiego (Giżyckiego), który prowadzi bezpośrednio na jez. Niegocin. Część jeziora leżąca pomiędzy wyspami a zachodnim brzegiem nosi romantyczną nazwę „Łabędziego Szlaku” – i rzeczywiście, jest to prawdziwe królestwo tych dostojnych ptaków. Północna część jeziora, od wysokości półwyspów Sarni i Olchowy Róg ma zupełnie inny charakter. Woda rozlewa się tu szeroko. Granica z jeziorem Dargin przebiega na wysokości Królewskiego i Wysokiego Rogu, ale jest trudna do uchwycenia, bo na swoim północnym krańcu Kisajno ma szerokość 2,5 km. Jezioro zaliczane jest do typu leszczowego, a jego wody mają II klasę czystości.
Po Kisajnie kursują liczne statki białej floty. Główny tor wodny prowadzi wzdłuż wschodniego brzegu z zatoki Tracz do Królewskiego Rogu, a dalej przez Dargin w stronę mostu na Kirsajtach i do Węgorzewa (odległość z Giżycka do Węgorzewa wynosi 26 km). Statki wycieczkowe odbywają również spacerowe rejsy po zachodniej stronie wysp – Łabędzim Szlakiem.